В этом сезоне розыгрыш проводился в три этапа. На первом этапе между собой выясняли отношения команды низших дивизионов, разбитые на подгруппы по 4-8 команд, а на втором этапе постепенно в борьбу включались клубы более высокого уровня, начиная с 1/32 финала.

   Баскетбольный клуб «Химки» участвовал в 5-м розыгрыше кубка России, начиная с 1/8 финала (II этап). Игры проводились с 25 сентября 2005 г. по 31 января 2006 г. по системе плей-офф, по одной игре дома и на выезде.

   Третий этап - полуфинальные и финальные игры проводились в одном городе, в формате «Финала четырёх» с 19 по 21 апреля 2006 г. Директоратом Чемпионата местом проведения был определён «Баскетбольный центр Московской области» в городе Химки.

   Обладатель Кубка России 2006 года среди мужских команд получал право на участие в Кубке УЛЕБ в сезоне 2006-2007 гг.

1/8 финала

1/4 финала

Финал четырёх

1/4 финала

1/8 финала

Динамо М

УНИКС

70-82, 112-60

Динамо М

УНИКС

94-70, 92-70

Енисей

ТЕМП-СУМЗ

96-85, 82-98

Динамо МО

УНИКС

73-74. 75-69 2ОТ

Динамо МО

Динамо-СПб

88-77, 116-72

Динамо МО

Динамо-СПб

79-67, 91-61

Университет

Буревестник

80-81

БК Химки -- ЦСКА -- 76-79

63-77

Урал-Грейт

Союз

83-86, 85-85

СТК-Локомотив

ЦСКА

66-103, 46-107

СТК-Локомотив

ЦСКА

65-92, 68-91

БК Химки

ЦСКА

101-70, 83-69

УНИКС-2

ЦСК ВВС

66-114, 96-96

БК Химки

Локомотив-Ростов

71-79, 78-80

БК Химки

Локомотив-Ростов

"Финал четырёх"
(Химки, Баскетбольный центр Московской области)

1/2 финала 19 апреля   УНИКС -- ЦСКА -- 63-77   Химки -- Динамо МО -- 81-80

За 3-е место 21 апреля   УНИКС -- Динамо МО --  77-69 Финал 21 апреля   Химки -- ЦСКА -- 76-79

  ЦСКА - обладатель Кубка России 2006 года;
  БК «Химки» завоевал второе место и право участия в Кубке УЛЕБ 2006-2007 годов;
  УНИКС - третье место;
  «Динамо» МО - четвёртое место.